En el año de 1963, bajo el sello editorial de la Librería Lerner, ve la luz de la imprenta el Curso de Derecho Penal Colombiano del Maestro Bernardo Gaitán Mahecha. Esa época coincide con la estructuración de la Facultad de Ciencias Jurídicas y Socio Económicas de la Universidad Javeriana, a partir de departamentos que buscan el desarrollo de un área de conocimiento. En ese contexto, el R.P. Gabriel Giraldo Zuluaga S.J. decide que el primer director sea precisamente el Dr. Bernardo Gaitán Mahecha. El maestro, acompañado de grandes profesores como lo fueron Jorge Enrique Gutiérrez Anzola, Lizandro Martínez Zúñiga y Gustavo Orjuela Hidalgo, además de participar en la fundación del derecho penal culpabilista en el país, brindaron las herramientas desde la cátedra para que brillaran grandes discípulos. 

Por ejemplo, al amparo de los viejos maestros, en la década de los años ochenta del siglo pasado, se gestaron importantísimos cultores de la ciencia penal nacional como Jaime Enrique Granados Peña y Julio Andrés Sampedro Arrubla. Posteriormente, al comenzar este milenio, se ve la necesidad de abandonar el esquema inquisitivo de juzgamiento penal. Para ello, asume el protagonismo otro javeriano, como Fiscal General de la Nación, Luis Camilo Osorio Isaza, discípulo de Gaitán Mahecha y Gutiérrez Anzola, acompañado de Granados y Sampedro, logrando establecer un esquema procesal penal más respetuoso por los derechos fundamentales, que complementó su visión con perspectivas restaurativas de la justicia y mayor protección a las víctimas de los delitos. 

La historia del Departamento de Derecho Penal de la Facultad de Ciencias Jurídicas se resume en el constante debate que plantea la irrestricta lucha por la defensa del individuo ante el poder punitivo del Estado, la necesidad de la sociedad de prevenir la afectación de sus intereses más caros, el interés constitucional por proscribir la arbitrariedad y el abuso y la impostergable atención a los intereses de las víctimas de las conductas más graves que les afectan individual y colectivamente. La carta de presentación del Departamento es el haber sido el epicentro intelectual y de gestión de las más importantes transformaciones del sistema penal colombiano.  Han tenido el honor de regentar la dirección del departamento: Bernardo Gaitán Mahecha; Nilson Elías Pinilla Pinilla; Augusto José Ibáñez Guzmán; Andrés Fernando Ramírez Moncayo y José Fernando Mestre Ordóñez.